生石灰的消毒原理是利用氧化钙和水反应生成氢氧化钙，使水质呈强碱性，导致病微生物和野杂鱼虾难以存活而死亡，从而达到清塘消毒的目的。对大多数繁殖型病原菌有较强的消毒作用。另外，生石灰能中和池内酸度，提高水体碱度，调节PH值；能与铜、锌、铁等结合而减轻水体毒性；促进池底厌氧菌群对有机质的矿化和腐殖质分解，使水中悬浮的胶体颗粒沉淀，提高池水的透明度；可改良底质，增加钙肥，提高水生植物对钙、磷的利用率，有利于浮游生物繁殖，保持水体良好的生态环境。