磁性编码器装置的物理工作原理是磁电阻效应.磁电阻效应产生来自导体或半导体的内部载流子，洛伦磁力的外部磁场改变了内部载流子或螺旋的轨迹，从而改变了导体或半导体内部的电位差，这个过程只是微观表现，宏观表现只要外磁场发生变化，磁阻阻值也会发生相应变化，这就是磁编码器的磁阻效应。磁编码器的磁阻器件有半导体磁阻器件和强磁性磁阻器件。由此说来，磁编码器的检测探头就是以磁阻器件为磁头。目前来说，磁编码器的探头常用的磁阻器件磁头有巨磁电阻效应的磁头（GMR）和各向异性磁电阻效应的磁头（AMR）。但是由于AMR磁头相比于GNR磁头，频率特性好和较高灵敏度等优势，渐渐成为现在磁编码器的主流应用磁头。